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Charles Plessy · @charles_plessy
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Split a file produced by into one file per barcode, using and :

samtools view in.bam | awk '/CB:Z:/{f=substr($0,match($0,/CB:Z:[ACGT]{16}/)+5,16)".txt"}{print>>f}'

#awk #samtools #SingleCell #cellranger #Bam

Last updated 1 year ago

😆😆😆

#Bam

Last updated 2 years ago

FerRacimo · @FerRacimo
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*New alert* Patramanis et al. PaleoProPhyler: a for inference using . 🦴

We developed a pipeline for aligning ancient data and performing analyses w/it. The pipeline can not only process data, but also harness data in different formats (, , ) and translate it, so as to create reference panels for .

biorxiv.org/content/10.1101/20

#ecoevo #evolution #ScienceMastodon #phyloproteomics #vcf #Bam #cram #genetic #Proteomic #evolutionary #peptide #proteins #ancient #phylogenetic #Pipeline #reproducible #preprint

Last updated 2 years ago

Hans van Meteren · @hvanmeteren
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Volgend jaar ligt ie er alweer 10 jaar, de stadsbrug De Oversteek in . Hij is gebouwd door de Bouwcombinatie Stadsbrug Nijmegen. Deze combinatie bestond uit Civiel en Max Bögl
Next year it will be there for 10 years, the city bridge De Oversteek in . It was built by the Construction Combination Stadsbrug Nijmegen. This combination consisted of Civiel and Max Bögl
youtu.be/Xgo4rwmIXJw

#Bam #nijmegen

Last updated 2 years ago

Bertrand Servin · @BertrandServin
150 followers · 128 posts · Server fediscience.org

We have been looking for a simple and fast way of a file at known sites that we get from a reference .

We ended up using with -@ -l --report-monomorphic options.

BUT I was quite surprised by the lack of information and clear documentation for performing this seemingly trivial task without going through the whole SNP calling stuff (we don't want to do it).

Did we miss something ? Is there a standard, well documented method out there ?

#freebayes #vcf #Bam #genotyping

Last updated 2 years ago

Gecco · @gecco
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Eccomi poco prima della ripartenza per tornare a casa dal

#Bam

Last updated 2 years ago

Gecco · @gecco
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#Bam

Last updated 2 years ago

Gecco · @gecco
169 followers · 828 posts · Server livellosegreto.it

Parto per il Viene qualcuno?

#Bam

Last updated 2 years ago

Esta tarde a las 17:00 empieza la con el taller "La fuerza de lo colectivo" en la FAL. Puedes consultar la programación completa aquí:bienalanarquista.madrid/primer @FAnselmoLorenzo

#BienalAnarquistaDeMadrid #Bam #Autoorganización

Last updated 2 years ago

Podéis consultar el programa completo de la BAM! aquí bienalanarquista.madrid/primer @FAnselmoLorenzo @AteneoMaliciosa

#Bam #Autoorganización #LaFuerzaDeLoColectivo

Last updated 2 years ago

¡Preparándonos para el talle de autoorganización! Vamos dándole vueltas a algunas herramientas y conceptos 🧠🧠🧠

#Bam #BienalAnarquistaDeMadrid #Autootganización #asamblea

Last updated 2 years ago

El tipo de reunión que no puede ser un email, no como las de tu empresa. Nos vemos el viernes 29 en la

#Bam #BienealAnarquistaDeMadrid #Aotoorganización #LaFuerzaDeLoColectivo

Last updated 3 years ago

¡Ya está aquí la BAM! Podréis encontrarnos en la Bienal Anarquista de Madrid con un taller sobre autoorganización dentro de un mes. Seguiremos informando.

#Bam #BienalAnarquistaDeMadrid #antiespecismo #ContraTodaOpresión #Autoorganización

Last updated 3 years ago