Meute 🤍
#bäm #fürdiespätestunde
https://open.spotify.com/track/0an9zVn661Xhu94USWLmIj?si=fxe9WAckSo-H2AABkxam2w
Split a #BAM file produced by #CellRanger into one file per #singlecell barcode, using #samtools and #awk:
samtools view in.bam | awk '/CB:Z:/{f=substr($0,match($0,/CB:Z:[ACGT]{16}/)+5,16)".txt"}{print>>f}'
#awk #samtools #SingleCell #cellranger #Bam
*New #preprint alert* Patramanis et al. PaleoProPhyler: a #reproducible #pipeline for #phylogenetic inference using #ancient #proteins. 🦴
We developed a pipeline for aligning ancient #peptide data and performing #evolutionary analyses w/it. The pipeline can not only process #proteomic data, but also harness #genetic data in different formats (#CRAM, #BAM, #VCF) and translate it, so as to create reference panels for #phyloproteomics.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.12.12.519721v1?med=mas
#ecoevo #evolution #ScienceMastodon #phyloproteomics #vcf #Bam #cram #genetic #Proteomic #evolutionary #peptide #proteins #ancient #phylogenetic #Pipeline #reproducible #preprint
Volgend jaar ligt ie er alweer 10 jaar, de stadsbrug De Oversteek in #Nijmegen. Hij is gebouwd door de Bouwcombinatie Stadsbrug Nijmegen. Deze combinatie bestond uit #BAM Civiel en Max Bögl
Next year it will be there for 10 years, the city bridge De Oversteek in #Nijmegen. It was built by the Construction Combination Stadsbrug Nijmegen. This combination consisted of #BAM Civiel and Max Bögl
https://youtu.be/Xgo4rwmIXJw
We have been looking for a simple and fast way of #genotyping a #bam file at known sites that we get from a reference #vcf.
We ended up using #freebayes with -@ -l --report-monomorphic options.
BUT I was quite surprised by the lack of information and clear documentation for performing this seemingly trivial task without going through the whole SNP calling stuff (we don't want to do it).
Did we miss something ? Is there a standard, well documented method out there ?
#freebayes #vcf #Bam #genotyping
Esta tarde a las 17:00 empieza la #BienalAnarquistaDeMadrid con el taller "La fuerza de lo colectivo" en la FAL. Puedes consultar la programación completa aquí:https://bienalanarquista.madrid/primera-bienal-anarquista-de-madrid-2022 @FAnselmoLorenzo #BAM #Autoorganización
#BienalAnarquistaDeMadrid #Bam #Autoorganización
Podéis consultar el programa completo de la BAM! aquí https://bienalanarquista.madrid/primera-bienal-anarquista-de-madrid-2022 @FAnselmoLorenzo @AteneoMaliciosa #BAM #Autoorganización #LaFuerzaDeLoColectivo
#Bam #Autoorganización #LaFuerzaDeLoColectivo
¡Preparándonos para el talle de autoorganización! Vamos dándole vueltas a algunas herramientas y conceptos 🧠🧠🧠#BAM #BienalAnarquistaDeMadrid #Autootganización #Asamblea
#Bam #BienalAnarquistaDeMadrid #Autootganización #asamblea
El tipo de reunión que no puede ser un email, no como las de tu empresa. Nos vemos el viernes 29 en la #BAM #BienealAnarquistaDeMadrid #Aotoorganización #LaFuerzaDeLoColectivo
#Bam #BienealAnarquistaDeMadrid #Aotoorganización #LaFuerzaDeLoColectivo
¡Ya está aquí la BAM! Podréis encontrarnos en la Bienal Anarquista de Madrid con un taller sobre autoorganización dentro de un mes. Seguiremos informando. #BAM #BienalAnarquistaDeMadrid #Antiespecismo #ContraTodaOpresión #Autoorganización
#Bam #BienalAnarquistaDeMadrid #antiespecismo #ContraTodaOpresión #Autoorganización