Ars Technica: Global COVID monitoring is crashing as BA.2.86 variant raises alarm https://arstechnica.com/?p=1963498 #Tech #arstechnica #IT #Technology #Infectiousdisease #variantofconcern #geneticsequence #publichealth #SARS-CoV-2 #COVID-19 #pandemic #Science #BA.2.86 #variant #Health #WHO

@DenisCOVIDinfoguy @auscovid19 But, don't worry. It's not a #VariantOfConcern until it spreads to every country in the world. Maybe next week?

WHO Identifies New Coronavirus ‘Variant of Interest'

The EG.5 variant has been spreading rapidly in the United States and has higher transmissibility than other strains. A US health official says updated vaccines in September will offer protection against the variant.

#coronavirus #covid19 #WHO #EG5 #CoronavirusVariant #VariantOfConcern #health #vaccines #omicron #healthcare #CDC #UnitedStates

https://thewire.in/health/who-identifies-new-coronavirus-variant-of-interest

Global News BC: Concerns about effectiveness, racism as Canada prepares to test travellers from China for COVID-19 https://globalnews.ca/news/9384661/racism-effectiveness-covid-test-china/ #globalnews #britishcolumbia #news #coronavirusupdate #variantofconcern #coronavirusnews #chinacovidtest #covid-19canada #bccoronavirus #covid-19news #chinacovid #COVID-19 #Variant #Health #XBB1.5 #China #COVID

On en attendait un chinois, voici un BA.5.2 danois.

BA.5.2.46▶️Orf1b:T1050N + Orf1a:K510E + S:N460K + S:K444T
BA.5.2.46(.1)▶️+ Orf1a:D203N

D'un coup, ce variant acquiert la meilleure mutation de replication virale (+ une autre dans un potentiel sous variant japonais, pas encore désigné), et 2 mutations d'échappement immunitaire ++

#COVID19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

2 mois après son apparition, comeback de CK.1 (BA.5.2.24*).

CK.1.1▶️CK.1 + S:Y144del + S:N856S

▶️S:144del: La meilleure mutation d'infectivité
▶️S:886S: Beaucoup de mutations récemment en 882-889. dans et autour du FFPR Spike (fusion cellulaire)

Ce variant dispose aussi des 4 mutations d'échappement immunitaire ++ lui venant de son ancêtre

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB.4▶️XBB + S:K444R

Cette mutation est la seconde meilleure mutation d'échappement immunitaire connue aujourd'hui.

Tous ces XBB sont présents en France aujourd'hui, à bas bruit, attendant que leur heure vienne, peut-être.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB.2▶️XBB + S:D253G

Mutation de la boucle N5 du NTD Spike (la "clé" ACE2). Vue dans Iota, qui a ravagé New York début 2021 avant l'arrivée de Delta.

XBB.3▶️XBB + ORF1b:I1988V

Mutation inconnue sur le RdRp NSP12 (agit sur la réplication/transcription)

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB.▶️XBB + S:D253G

Mutation de la boucle N5 du NTD Spike (la "clé" ACE2). Vue dans Iota, qui a ravagé New York début 2021 avant l'arrivée de Delta.

XBB.3▶️XBB + ORF1b:I1988V

Mutation inconnue sur le RdRp NSP12 (agit sur la réplication/transcription)

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

La star du moment :

XBB.1.5▶️XBB.1 + S:S486P

Le passage (qui se fait toujours en 2 étapes : S puis V) à la purine en S:486 donne le plus gros avantage d'échappement immunitaire connu à ce jour.

Cela peut expliquer son apparente dominance sur le reste de la famille.

Un sous-variant a peut-être été repéré hier, aux USA, avec une mutation S:K143H. Elle ajouterait un avantage supplémentaire d'infectivité.

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XBB.1.2 et 3 ne sont pas intéressants pour le moment. On verra avec leurs éventuels sous-variants.

XBB.1.4▶️XBB.1 + S:T883I

Mutation des BA.5* de l'été 2021. Donne un avantage de croissance

XBB.1.4.1▶️+ S:S673G

Mutation à l'extrémité du furine cleavage site de la protéine spike. La même à l'autre bout (686), accroit, expérimentalement et in vitro, la transmission de +100%.

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XBB.1▶️XBB + S:G252V

Une autre mutation du NTD spike améliorant l'infectivité du virus.

XBB.1.1▶️+ ORF1a:P309L

Vue dans Delta, mutation Nsp1 renforçant le détournement de nos cellules au profit de la réplication virale.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB se retrouve avec 5 mutations Spike améliorant l'affinité aux recepteurs ACE2 (dont Y144del, la meilleure), et donc l'infectivité du virus, 3 mutations d'échappement immunitaire ++ (346T, 460K, 486S), 3 mutations d'EI + (445P, 446S, 490S), et deux standard.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB est un recombinant de BJ.1 (branche BA.2.10), et de BM.1.1.1 (branche BA.2.75.3) avec une cassure en Spike, repéré le 12 septembre. La majeure partie du virus, après la cassure, provient de BM.1.1.1.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

THREAD XBB

XBB.1.5 vient d'obtenir un surnom, Kraken.

P̈révalent à New York, il y booste une forte vague.

Il est récemment apparu en France, en faible nombre, dans 4 régions

Les XBB pouvant causer une de nos prochaines vagues, ils méritent une petite synthèse.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

BF.5.2▶️BF.5 + S:V445A + ORF1a:I2873V

▶️S:V445A : Échappement immunitaire +
▶️ORF1a:I2873V (Nsp3:I416V) : mutation du SUD-N domain de Nsp3, essentiel à la replication.

Ces variants boostent la vague au Japon, qui rapporte des troubles intestinaux et rénaux.

#Variant #Covid19 #VariantSoup #Variantofconcern