https://thetyee.ca/Analysis/2023/01/30/We-Face-An-Army-Of-COVID/
#Covid #coronavirus #variantsoup #variants #covidvariants

On en attendait un chinois, voici un BA.5.2 danois.

BA.5.2.46▶️Orf1b:T1050N + Orf1a:K510E + S:N460K + S:K444T
BA.5.2.46(.1)▶️+ Orf1a:D203N

D'un coup, ce variant acquiert la meilleure mutation de replication virale (+ une autre dans un potentiel sous variant japonais, pas encore désigné), et 2 mutations d'échappement immunitaire ++

#COVID19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

2 mois après son apparition, comeback de CK.1 (BA.5.2.24*).

CK.1.1▶️CK.1 + S:Y144del + S:N856S

▶️S:144del: La meilleure mutation d'infectivité
▶️S:886S: Beaucoup de mutations récemment en 882-889. dans et autour du FFPR Spike (fusion cellulaire)

Ce variant dispose aussi des 4 mutations d'échappement immunitaire ++ lui venant de son ancêtre

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB.4▶️XBB + S:K444R

Cette mutation est la seconde meilleure mutation d'échappement immunitaire connue aujourd'hui.

Tous ces XBB sont présents en France aujourd'hui, à bas bruit, attendant que leur heure vienne, peut-être.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB.2▶️XBB + S:D253G

Mutation de la boucle N5 du NTD Spike (la "clé" ACE2). Vue dans Iota, qui a ravagé New York début 2021 avant l'arrivée de Delta.

XBB.3▶️XBB + ORF1b:I1988V

Mutation inconnue sur le RdRp NSP12 (agit sur la réplication/transcription)

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB.▶️XBB + S:D253G

Mutation de la boucle N5 du NTD Spike (la "clé" ACE2). Vue dans Iota, qui a ravagé New York début 2021 avant l'arrivée de Delta.

XBB.3▶️XBB + ORF1b:I1988V

Mutation inconnue sur le RdRp NSP12 (agit sur la réplication/transcription)

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

La star du moment :

XBB.1.5▶️XBB.1 + S:S486P

Le passage (qui se fait toujours en 2 étapes : S puis V) à la purine en S:486 donne le plus gros avantage d'échappement immunitaire connu à ce jour.

Cela peut expliquer son apparente dominance sur le reste de la famille.

Un sous-variant a peut-être été repéré hier, aux USA, avec une mutation S:K143H. Elle ajouterait un avantage supplémentaire d'infectivité.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB.1.2 et 3 ne sont pas intéressants pour le moment. On verra avec leurs éventuels sous-variants.

XBB.1.4▶️XBB.1 + S:T883I

Mutation des BA.5* de l'été 2021. Donne un avantage de croissance

XBB.1.4.1▶️+ S:S673G

Mutation à l'extrémité du furine cleavage site de la protéine spike. La même à l'autre bout (686), accroit, expérimentalement et in vitro, la transmission de +100%.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB.1▶️XBB + S:G252V

Une autre mutation du NTD spike améliorant l'infectivité du virus.

XBB.1.1▶️+ ORF1a:P309L

Vue dans Delta, mutation Nsp1 renforçant le détournement de nos cellules au profit de la réplication virale.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB se retrouve avec 5 mutations Spike améliorant l'affinité aux recepteurs ACE2 (dont Y144del, la meilleure), et donc l'infectivité du virus, 3 mutations d'échappement immunitaire ++ (346T, 460K, 486S), 3 mutations d'EI + (445P, 446S, 490S), et deux standard.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

XBB est un recombinant de BJ.1 (branche BA.2.10), et de BM.1.1.1 (branche BA.2.75.3) avec une cassure en Spike, repéré le 12 septembre. La majeure partie du virus, après la cassure, provient de BM.1.1.1.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

THREAD XBB

XBB.1.5 vient d'obtenir un surnom, Kraken.

P̈révalent à New York, il y booste une forte vague.

Il est récemment apparu en France, en faible nombre, dans 4 régions

Les XBB pouvant causer une de nos prochaines vagues, ils méritent une petite synthèse.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #Variantofconcern

BF.5.2▶️BF.5 + S:V445A + ORF1a:I2873V

▶️S:V445A : Échappement immunitaire +
▶️ORF1a:I2873V (Nsp3:I416V) : mutation du SUD-N domain de Nsp3, essentiel à la replication.

Ces variants boostent la vague au Japon, qui rapporte des troubles intestinaux et rénaux.

#Variant #Covid19 #VariantSoup #Variantofconcern

THREAD

BF.5, dégouté d'avoir été grillé par BF.7*, contre-attaque

BF.5.1▶️BF.5 + S:R346T

▶️S:R346T : Échappement Immunitaire ++

Très présent au Japon, mais tapi dans l'ombre en France, aussi.
Pareil pour le suivant ci-dessous.

#Covid19 #Variant #VariantSoup

Clade BQ.1, encore (Grande Bretagne, Belgique)

DP.1▶️BQ.1.1.8 + S:A352S

▶️S:A352S : mutation fréquente. Ajout d'un léger avantage d'échappement immunitaire.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #BQ1

Clade BQ.1. Progression rapide. Présent en France

BQ.1.13▶️BQ.1 + ORF1a:V627I (Nsp2)
BQ.1.13.1▶️ + S:F157L

Nsp2:V84I : Mutation vue dans BW.1 (récente vague Mexique). Améliore l'inhibition des interférons type I
S:F157L: mutation NTD spike boucle N3 (hausse de l'affinité ACE2 / infectivité)

#Covid19 #Variant #VariantSoup

BQ.1* est upgradé en clade, et continue d'évoluer.

DN.1▶️BQ.1.1.5 + S:K147N
DN.1.1▶️+ ORF1a:R2159W

▶️S:K147N:↗️d'infectivité (mutation NTD Spike boucle 3, accroît l'affinité aux récepteurs ACE2)
▶️Orf1a:R2159W : Mutation BSM du Nsp3, interaction inconnue avec Nsp4, 6, 12, et ORF7a

Europe. Progression TRÈS rapide.

#Covid19 #Variant #VariantSoup

@trendless @ZeroCovidColin my first thought, & I hope I’m very very wrong, is there’s going to be an uptick in #AAPI hate crimes because the USA is heading for an unbelievable uptick in #sarscov2 cases in January/February

China & people who look Chinese… will be scapegoated for this even though it’s honestly Americans & the collective west that is driving #covid #reinfection #variantSoup

I’m pretty upset about this BS #tbh

▶️Orf3a:A54V est le retour d'une mutation de la souche Wuhan arrivée très tôt en 2020. Orf3a, propre aux SARS, joue plusieurs rôles, dont un pathogène inflammatoire (cytokine storm).

Voir réapparaître des mutations de début 2020 dessus n'est jamais rassurant.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #variantsofsarscov2

▶️Les mutations en 852-859 (fusion peptide proximal région) S2 de Spike sont convergentes depuis peu, mais apparaissent aussi dans des mutations d'immunodeprimés chroniques. Leur avantage peut-être sur la fusion cellulaire.

Ce variant progresse rapidement.

#Covid19 #Variant #VariantSoup #variantsofsarscov2